在晚餐时，源治告诉小智他曾经也因为自信过度而输掉许多对战（自信过渡不少暴飞龙的吗？）；他认为在天然的环境中生活的宝可梦是具有野性的生物，它们不受任何约束，有时会妨碍到我们，有时也会帮助我们。对于我们这些将宝可梦视为同伴一同战斗的训练家来说，需要的正是一颗善良的心，宝可梦感受到训练家的善心才学会区分对错，感受到训练家的善心才会变得强大，这显然是一位绝对正派的天王级别“强者”。
目的地还是琉璃市，明龖一行人又来到了一座小岛—威尔兹岛，来到这里进行道馆赛和华丽大赛的特训。在岛上时，小胜看见了一只摇篮百合，和小智他们说却被怀疑，正好又出现了一只斗笠菇，小智认为小胜把斗笠菇看成摇篮百合了。小胜坚持着说自己看到摇篮百合，又使小性子独自跑到森林里。这时，小智一行人也终于看到了摇篮百合，原来是诸星博士和他的太太安努在这里研究这座岛上所挖掘出来的古代宝可梦，利用装置让他们复活，他们的梦想是在这座岛上建立一座古代宝可梦的乐园。
摇篮百合是一种与植物相似的绿色宝可梦，具体为岩石属性和草属性的藤壶宝可梦，它的头部、脖子和躯干上有着不同式样的黄色标记；它的头上有着新月形的开口，开口上还有一对圆形的黄色眼点，但是它真正的眼睛是隐藏在黑暗里的。有八条粉色的触须环绕在它的头部根处，就像是花瓣一样，它又长又灵活的脖子在中心有着黄色的环，伸长脖子可以帮助它捕获猎物。它的身子很矮，依靠四条粗短的生长物蹲坐在地上，而它胸部上还有一个椭圆形的黄色靶状物。摇篮百合平常栖息在海的浅滩底部，退潮时分就爬到陆地上，四处寻找猎物，而且是肉食性宝可梦。摇篮百合的身体沉重，像秤砣一样，就算海里波涛汹涌也不会被冲走；摇篮百合能用８根触手缠住猎物，再从触手中分泌强力的消化液将其溶化，最后大口大口地吃掉，光看卖相其实是有点可怕的神奇宝贝。
小智一行人也答应诸星博士夫妇在对外公布之前不会说出这里的事的，但是由于火箭队三人组的破坏，使得刚刚从太古羽虫进化的太古盔甲逃出了研究所。其实太古盔甲是受到了惊吓，而且刚刚进化急需能量，它就跑到岛屿的海岬，这里生长着太古盔甲喜欢的食物；但火箭队在这里抓住了太古盔甲，在诸星博士和大家的帮助下太古盔甲才逃了出来。
太古盔甲是一只蓝色的甲壳宝可梦，下颚、翅膀边缘和腹部有黄色花纹，它的脑袋中央、前肢末端、膝盖、翅膀和尾巴上的鳍状物都是黑色的，头上的黑色斑块上还有两块红色斑点，薄薄的眼睛在脑袋两边。太古盔甲的脖子两边各有三片白色配红色的羽状物，它的背后有一块带刺的甲壳，压着两片巨大的翅膀，可以帮助游泳。虽然太古盔甲平常都住在地底下，不过在捕捉猎物的时候就会潜入海中，利用两片巨大的翅膀来游泳；覆盖有甲壳的身体十分结实，会用锋利的爪子刺穿猎物，然后将其吃掉。
宝可梦世界的科学研究氛围异常浓厚，科技树在这里十分繁荣；很多设备都是科技含量非常的高，就是手机的普及度还比较底，很多东西的功能比较纯粹，没有什么大范围的整合。不过随随便便的一个博士都有着了不起的发明创造，想象力方面真的已经登峰造极；就是今天的火箭队也是秀了一下他们的材料学最新进展，什么“超级合金R”的，不知道他们那么多天马行空的的发明什么时间切实有效地走进普通人的日常生活。
研究所还有不少触手百合和太古羽虫，都是诸星博士夫妇从岛上的化石中复活的。触手百合就像海百合，它的底部是紫色的，触手是粉色的，顶部是黑色的；黑色的部位的两个点应该是触手百合的样子，它有很多触手，而且身体也有着特殊的花纹，触手百合的底部部位的形状就像是吸盘，连接着上半身。触手百合的触手上长有强力的吸盘，它会吸附在海底的岩石上，无论遭遇怎样的惊涛骇浪也不会被冲走；它会伪装成海草，埋伏着捕捉猎物。太古羽虫则是一种既扁又长的化石宝可梦，它的外形很像海洋节肢动物，为一种非常古老的宝可梦，是虫宝可梦的一种祖先，会把８根翅膀当做船桨划水，并且游泳的速度相当快，会伸长爪子去捉那些藏在海底岩石堆里的猎物。
宝可梦世界的科学技术异常先进，科技的进步可以使宝可梦存放于电脑中，把宝可梦发送到世界各地，复活化石创造出古代宝可梦，虽然人类的生活依旧朴素自然。能量转换等科技成就和进化、可以记录事件的花等奇特自然现象使得宝可梦世界和现实世界存有很大的不同。得文公司的一些研究员还在尝试更加先进的科技想法，比如将宝可梦的梦境投影，和宝可梦直接交流；宝可梦世界最为先进和常用的技术之一是精灵球，可以把宝可梦收纳到口袋中的小球里。精灵球最早来源于球果而非人工制造，近代的精灵球需要人工拧开螺丝将宝可梦放出；精灵球有各种各样，分别用于不同的用途和场合，大师球可以万无一失地收服宝可梦，这里面的技术含量非常夸张，但它们也足够稳定有效。
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